On peut utiliser différentes méthodes, et l'une des plus "facile" reste SFTP (secure FTP).

Pour se faire: on crée un utilisateur sur le serveur et une zone dédiée aux échanges:

adduser filez
chmod go-rwx /home/filez
mkdir -p /sftp/filez/incoming
chown filez:filez /sftp/filez/incoming

Que l'on bride au niveau du /etc/ssh/sshd_config:

# override default of no subsystems
#Subsystem      sftp    /usr/lib/openssh/sftp-server
Subsystem       sftp    internal-sftp

Match User filez
  PasswordAuthentication yes
  X11Forwarding no
  AllowTcpForwarding no
  AllowAgentForwarding no
  ChrootDirectory /sftp/%u
  ForceCommand internal-sftp